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通称 シャドーチャッピー、和名 ヤミデメマダラ、ヤミジャン科 ペレット５×４ チャッピーを、枠だけかいたような姿をしているし、一度に５匹食べるが、ヤミジャンの仲間。ピクミンがくっつかないし、 攻撃したとしてもすけてきかない。やはり光に弱いが、１つのピッカリ石（もしくはでんきピクミン）ではちょっと止まるだけ。 １０個の光を当てる（同時に）と消滅。しかし光を多く当てるたびに硬直が長くなり、８個の時点で全く動けなくなる。 ヤミジャンと違い光がなくなると、一定時間後正常に戻る。
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通称 ダマグモキメラ、和名 ヘソダマグモ、ヘソグモ科 ペレット１０×６ 対角線状に２本の足がダマグモのようで、２本の足がヘソグモのよう。他のダマグモなどと違い最初から全身出て立っている。 走るように動くがヘソグモよりは遅い。ダマグモのような足にはつぶされるしピクミンなどを食べる。一度に１０匹食べられる。 頭に攻撃できるが体に当てるとかなりきく。しかし、頭を上にすることはないため、当てられるのは通常はねピクミンのみ。 倒すとペレットが頭から４つ出されて体が砕けて２つ出る。
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通称 ギエス、和名 オナガアカトリモドキ、トリモドキ科 ３/６、誕生数６、値段３ 姿はどう見ても翼竜である爬虫類。後ろ足が退化していて、とまる時は長い２本の尾を使う。 はばたいて飛ぶ他はランフォリンクス類と性質がほとんど同じ。 最初の高さのまま近づいて降りてきて攻撃し、ランダムな高さのところへ上昇するが、ピクミンをつけると 普通の飛びでもとどくところで止まり振り落とす。最初と上昇の後、黄ピクミンでも届かないところにいることもある。 一度に１匹食べられる。声は出せる。
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通称 ムシショウグン、和名 ムシショウグン、？科 ２０/４０、誕生数７０、値段３５ たくさんの虫を従えており自身も強いため、トラウマとなるに違いない敵。 サライムシと体のつくりが似ている（偶然）が腹がほとんどなく羽が２枚という形態。前足以外の足が退化しており ピクミンもつかまえて食う。一度に５匹食べられる。つかめるのは片手一度に３匹。残り１匹は何気なく落ちる。 胸に発電器官があり、頭を通して触角からは電流を発射して攻撃できる。前兆はブブブ…という音。 発射音はそれより少し高いブッという音。 ムシショウグンの顔より前にいたらかなり遠くにいないと当たる。かわすには後ろへ行くのが安全。 羽にはキノコの胞子がくっついており、早くはばたくとばらまかれる。当たるとキノコピクミン。 羽を攻撃し続けるうちにとれて（片方あっても）飛べなくなる。こうなると、はって歩き電流しか攻撃ができなくなる。腹が弱点。 最低でも電気は平気だといいが、ミラーピクミンがいればほぼ封殺できる。
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通称 チャッピー使い、和名 ムチアシサライムシ、サライムシ科 ３/６、誕生数２０、値段１０ ツガイデメマダラと暮らす。足は４本で 前足でつかまったり歩き 後ろ足で獲物をとらえたりチャッピーを叩く。 最初は上２匹の上に乗っており、前から近づくと起こす。戦闘時は２匹の上をはねて、どちらかに乗っている。 単独になるとピクミンなどを後ろ足でつかまえ、遠くに行った後食べる。後ろ足が１対なので一度に２匹つかむ。払いをしない。 触角はあまり使われず、羽もない。チャッピー使いを先に倒すと統率がとれなくなるが それには高く飛ぶピクミンを必要とする。
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和名：オオセミドリトカゲ 重さ5/10 誕生40 オオヤマトカゲ科 天敵のいない環境のおかげで巨大化したトカゲ。背中が濃い緑色でそれ以外は茶色がかかった黒。ピクミンが近づくと鱗を逆立てて威嚇する。非常に攻撃的で逃げても執拗に追いかけて捕食する。 攻撃力自体も高く、オリマーが一度噛み付かれるだけでダウンしてしまう。一度に捕食するピクミンの量も多く、危険である。 しかし巨大化してしまったこのトカゲは動きが遅くなっている上に、眼球を動かすことができないので、死角の背中を攻撃すると意外と簡単に倒せたりする。 倒すと頭だけが残る。
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チャッピーが多い。灰、桃オニヨンがある。 深海のほとりでアワアワドドロを倒すと出るＣＤを回収すると行けるようになる。 希望の森に出す予定だった敵を多くまわしている（新屋作ピクミンはピクミン1のステージも出るものと見て考えられたため）。 出るのが確定している敵 チャッピー 小チャッピー クマチャッピー テンテンチャッピー テンコチャッピー コガネモチ ピキマキ 中チャッピー コメツ ギンピキマキ ヂャッビー ヨツアシチャッピー トゲチャッピー フエドックリ マダラコガネモチ ピキマキモドキ オオペレット草 キョダイペレット草 キングペレット草 ハガネモチ チュウクマ ブンナゲヤロウ チャッピーキラー クリアチャッピー サイデメマダラクイ ツノチャッピー チャッピーヒメアギト 洞窟 対決！ガライア・デメマダラ イモガエルとクモの穴?
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通称 スーパーサライムシ、和名 スーパーサライムシ、サライムシ科 ５/１０、誕生数１つ８、値段１つ４ コガタドラゴンのように６匹１組で前後につながっており、カニヤリくらい堅く火で倒すのが一般。両手がハサミ。 ピクミンなどをとらえて食べる。一度に２×６匹。一度火を当てるとバラバラになり、それぞれにまた火を当てて倒す。 つぶしは意味がない。でんきピクミンがいれば楽勝。ただしいきなり６匹倒すのはできない。 ゲキニガスプレーを使うと攻撃がきくが６匹分の体力で高い。エキスは６つ出る。
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お宝が落ちていない、別にこなくても完全クリアに関係がない隠しマップ。 お宝はないが、代わりにピクミンを増やしやすく、大地のエキスやスプレーがたくさん手に入る。 美しい清流のマップで、一番下流のところに着地する。上流には地下洞窟が一つ存在する。（ここにもお宝はない。） 原生生物もあまり凶暴な敵がおらず、探索も上流への一本道で簡単。 出現する原生生物は、 イモガエル・オタマ・ヤマシンジュ・フーセンドックリ・ダンゴナマズ・コガネモチ・ヤンマウラ・ペレット草・ピキマキ 仕掛けは一切なく、水も至って浅いのでほとんどのところが全ピクミンで探索できる。
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通称 オオキバムシ、和名 スナナガオオキバムシ、キバムシ科 ペレット１０×４ 虫といっても環形動物らしい。普段は砂中にひそみ、振動を感じ取って獲物をとらえる。文字通り大あごが強力。 微妙に上下にずれており、交差できる。頭と８つの節を攻撃し、全て体力をなくせば倒せる。頭以外の体力は低い。 最初姿は見えないが索敵範囲に入ると近くから出てきて食いに来る。一度に１０匹食べられる。動きはゆっくりしているので 横によけてピクミンを投げればいいが、少し対応はできる。砂に入るときピクミンがくっついていると、払い判定を受ける。 倒すと尾から頭の前まで順に砕けて頭が落下して砕け、ペレットが出る。ボス。